Η εγκατάσταση πάχυνσης και αφυδάτωσης της ιλύος καλύπτει τις ανάγκες της α' Φάσης για τον ηλεκτρομηχανολογικό εξοπλισμό και της β' Φάσης για τα κτιριακά έργα. Η περίσσεια ιλύος αντλείται στο κτίριο όπου βρίσκεται στεγασμένη η εγκατάσταση της μηχανικής πάχυνσης με τράπεζες πάχυνσης και η εγκατάσταση μηχανικής αφυδάτωσης με ταινιοφιλτρόπρεσσες για να μειωθεί περαιτέρω ο όγκος της πριν την τελική διάθεσή της. Το κτίριο πάχυνσης - αφυδάτωσης είναι εφοδιασμένο με σύστημα μηχανικού εξαερισμού και απόσμησης.
Πριν την είσοδο στην πάχυνση η ιλύς αναμιγνύεται με διάλυμα πολυηλεκτρολύτη. Η παρασκευή και η δοσομέτρηση του πολυηλεκτρολύτη θα γίνεται αυτόματα.
Η αφυδατωμένη ιλύς μεταφέρεται με κυλιόμενο ιμάντα σε κάδους συλλογής στον στεγασμένο χώρο αποθήκευσης ιλύος. Εν συνεχεία φορτώνεται σε φορτηγό και οδηγείται στο χώρο τελικής διάθεσης (δηλ. στον κεντρικό ΧΥΤΑ του Δήμου Λέσβου).