Τα έργα της μονάδας απολύμανσης σχεδιάστηκαν για την τελική Β' φάση λειτουργίας του έργου και αποτελούνται από τον μετρητή παροχής, τη δεξαμενή χλωρίωσης , το συγκρότημα δοσομέτρησης χλωρίου και το συγκρότημα δοσομετρησης θειώδους νατρίου για την αποχλωριωση
Μέτρηση παροχής
Τα επεξεργασμένα λύματα από τις δεξαμενές καθίζησης καταλήγουν με βαρύτητα στον μετρητή παροχής σε ανοικτό κανάλι όμοιο με αυτό που βρίσκεται κατάντη του εξαμμωτή.
Δεξαμενή χλωρίωσης
Από τον μετρητή παροχής τα επεξεργασμένα λύματα καταλήγουν στο φρεάτιο εισόδου της χλωρίωσης στο οποίο γίνεται προσθήκη διαλύματος υποχλωριώδους νατρίου (NaOCΙ) και ισοκατανέμεται προς τα δύο διαμερίσματα χλωρίωσης που έχουν μαιανδρικη μορφή.
Συγκρότημα δοσομέτρησης χλωρίου
Το συγκρότημα δοσομέτρησης χλωρίου βρίσκεται εγκαταστημένο σε οικίσκο και περιλαμβάνει αντλίες δοσομέτρησης, δεξαμενή ημερήσιας κατανάλωσης και δεξαμενή αποθήκευσης.
Συγκρότημα δοσομέτρησης θειώδους νατρίου
Το συγκρότημα αποχλωρίωσης βρίσκεται εγκαταστημένο σε ξεχωριστό θάλαμο του οικίσκου χλωρίωσης και περιλαμβάνει δοσομετρικές αντλίες, και δοχεία αποθήκευσης και τροφοδοσίας διαλύματος θειώδες νατρίου.
Φρεάτιο μεταμερισμού
Τα επεξεργασμένα και απολυμασμένα λύματα οδηγούνται στο κτίριο μεταμερισμού όπου το επεξεργασμένο λύμα εμπλουτίζεται σε διαλυμένο οξυγόνο με αλλεπάλληλες υδραυλικές πτώσεις σε κλίμακα οξυγόνωσης.