Τα έργα εισόδου και προεπεξεργασίας περιλαμβάνουν το φρεάτιο εισόδου, την εσχάρωση, τον εξαμμωτή και τοποθετούνται σε κλειστό κτίριο εφοδιασμένο με σύστημα μηχανικού εξαερισμού και απόσμησης. Σε ιδιαίτερο κλειστό χώρο πλήρως ηχομονωμένο του ιδίου κτιρίου τοποθετούνται οι φυσητήρες και ο ηλεκτρικός πίνακας.
Στο φρεάτιο εισόδου καταλήγει ο κεντρικός καταθλιπτικός αγωγός Φ600 από την πόλη της Μυτιλήνης, δύο καταθλιπτικοί αγωγοί Φ 150 ο καθένας από τις Δημοτικές Κοινότητες Μόριας, Παμφίλων, και Παναγιούδας, καθώς και οι καταθλιπτικοί αγωγοί από τα βοθρολύματα και τα στραγγίδια. Η εσχάρωση αποτελείται από μία μηχανική αυτοκαθαριζόμενη λεπτή εσχάρα και μία χειρονακτικά καθοριζόμενη εσχάρα. Τα εσχαρίσματα απομακρύνονται με ελικοειδή μεταφορέα και συγκεντρώνονται σε κάδους.
Η αφαίρεση της άμμου από τα λύματα γίνεται με δίδυμο αεριζόμενο εξαμμωτη στον οποίο υπάρχουν και ζώνες ηρεμίας για τη συγκράτηση των επιπλεοντων λιπών. Η απομάκρυνση της άμμου γίνεται με κινούμενη γέφυρα εφοδιασμένη με αντλίες άμμου και επιφανειακό ξέστρο για τα επιπλέοντα λίπη. Η άμμος καθιζάνει στους χώρους απόθεσης και αντλείται σε διώρυγα ανάμεσα στις δύο δεξαμενές. Από εκεί οδηγείται στο ειδικό κεκλιμένο κοχλία πλύσης και διαχωρισμού του μίγματος άμμου-νερού και καταλήγει στους κάδους συλλογής. Τα επιπλέοντα λίπη υπερχειλίζουν σε φρεάτιο συλλογής και απομακρύνονται με βυτιοφόρο.
Η δεξαμενή βοθρολυμάτων βρίσκεται κοντά στην είσοδο της μονάδος στα διαμορφωμένο χώρο ελιγμών, και εκκενώνεται από βυτιοφόρα σε ειδικά φρεάτια εκκένωσης. Από τα φρεάτια εκκένωσης, τα βοθρολύματα οδηγούνται σε κλειστή δεξαμενή συγκέντρωσης - αερισμού σε κλειστό κτίριο όπου τα βοθρολύματα αερίζονται και αναμιγνύονται, ενώ ο δύσοσμος αέρας υφίσταται επεξεργασία στην μονάδα απόσμησης της προεπεξεργασίας πριν διατεθεί στην ατμόσφαιρα. Από την έξοδο της δεξαμενής τα βοθρολύματα καταθλίβονται και οδηγούνται στο φρεάτιο εισόδου.